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直播我的基因组分析-目录-持续更新

2017-05-21 小辣 生信技能树

【直播】我的基因组(一):直播的目的及意义

【直播】我的基因组(二):科研和临床分析调研

【直播】我的基因组(三):抽血送样测序

【直播】我的基因组(四):计算资源的准备

【直播】我的基因组(五):测试数据及参考基因组的准备

【直播】我的基因组(六):变异位点注释数据库的准备

【直播】我的基因组(七):从整体理解全基因组测序数据的变异位点

【直播】我的基因组(八):原始测序数据质量报告

【直播】我的基因组(九):拿到数据后要做的事情

【直播】我的基因组(十):测序数据质量控制

【直播】我的基因组(十一):测序数据的比对

【直播】我的基因组(十二):先粗略看看几个基因吧

【直播】我的基因组(十三):了解sam格式比对结果

【直播】我的基因组(十四):bam文件给按照染色体给分割成小文件

【直播】我的基因组(十五):提取未比对的测序数据

【直播】我的基因组(十六):提取左右端测序数据比对到不同染色体的PE reads

【直播】我的基因组(十七):初步分析一下multiple mapping 的情况

【直播】我的基因组(十八):初步分析PCR duplication的情况

【直播】我的基因组19:根据比对结果来统计测序深度和覆盖度

【直播】我的基因组20:覆盖度详细探究

【直播】我的基因组21:为什么我算出的染色体覆盖度与公司差异甚大

【直播】我的基因组22:用IGV查看具体某个位点是否变异

【直播】我的基因组23:对比对结果文件进行过滤

【直播】我的基因组24:用GATK对SAM格式的文件进行重排

【直播】我的基因组25:用bcftools来call variation

【直播】我的基因组26:GATK的realign对最后的结果影响到底有多大

【直播】 我的基因组27-先简单统计一下全基因组变异情况吧

【直播】我的基因组28-必须要理解vcf格式记录的变异位点信息

【直播】我的基因组 29:统计1000 genome hom-het ratio

【直播】我的基因组 30:使用软件把变异分类—添加tag

【直播】我的基因组 31:vcf文件标记dbSNP的rsID号

【直播】我的基因组 32:使用annovar注释vcf

【直播】我的基因组 33:用samstat软件对sam文件做统计

【直播】我的基因组 34:Qualimap对比对好的bam文件进行统计及可视化

【直播】我的基因组 35:bam格式转化为bw格式看测序深度分布

【直播】我的基因组 36:这些可能是somatic突变的位点究竟是什么?

【直播】我的基因组 37:gwas研究结果在我身上得到了验证

【直播】我的基因组 38:我得了艾滋病?我是暴躁狂?

【直播】我的基因组39:从bam中提取我们的原始测序数据

【直播】我的基因组 40:不同lane的bam文件的比较

【直播】我的基因组 41:按照不同的lane来call variation

【直播】我的基因组 42: 不同lane的variation的比较

【直播】我的基因组 43:简单粗糙的WGS数据分析流程

【直播】我的基因组 44:比对文件画profile和heatmap图

【直播】我的基因组 45:SNV突变(6种)频谱的制作

【直播】我的基因组46:SNV突变(96种)频谱的制作

【直播】我的基因组47:测序深度和GC含量的关系

【直播】我的基因组48:我可能测了一个假的全基因组

【直播】我的基因组49:Y染色体的SNV不能用常规流程来找?

【直播】我的基因组50:从测序深度和位点间距来看SNV分布情况

【直播】我的基因组51:画全基因范围内的染色体reads覆盖度图

【直播】我的基因组52:X和Y染色体的同源区域探索

【直播】我的基因组53:几个找变异的软件的效果比较

【直播】我的基因组54:把我的variation跟dbSNP数据库相比较

【直播】我的基因组55:简单的PCA分析千人基因组的人群分布

【直播】我的基因组56:探索遗传起源

【直播】我的基因组57:最简陋的祖源分析

【直播】我的基因组58:用R包SNPRelate来对我的基因型跟hapmap计划数据比较

【直播】我的基因组59:CNV初步探索

【直播】我的基因组61:scalpel软件找indel

【直播】我的基因组62:用Delly检测SV

【直播】我的基因组63:wegene芯片跟二代测序的简单比较

【直播】我的基因组64:用gwas来预测健康风险

【直播】我的基因组65:什么性状一定是由单个基因简单决定的?

【直播】我的基因组66:大多数性状往往是多个基因控制的

【直播】我的基因组67:clinvar数据库

【直播】我的基因组68:看看哪些基因的突变较多,哪些较少

【直播】我的基因组69:一个标准的基因检测报告目录

【直播】我的基因组70:比对文件并不能完美的还原出测序文件

【直播】我的基因组71:WGS流程可以有多复杂

【直播】我的基因组72:把基因检测芯片数据转为vcf格式

【直播】我的基因组73:在IGV看看indel是啥样子

【直播】我的基因组74:快速给测序reads比对到物种

【直播】我的基因组75:为什么我的血液里面有这些菌?

【直播】我的基因组76:用krona对血液全基因组的菌比例可视化

【直播】我的基因组77:批量计算每个蛋白编码基因的测序深度及覆盖度

【直播】我的基因组78:简单解析一下蛋白编码基因的测序深度及覆盖度

【直播】我的基因组79:为什么这些基因的覆盖度如此之低?

【直播】我的基因组80:为什么有些基因的内部测序深度差异如此大

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